El reinado de Fernando II, casado con Isabel I de Castilla en 1479, supone el inicio de la recuperación del Principado. Junto con actuaciones pocos loables como la instauración de la Inquisición y la exclusión de los judíos (1492), Fernando II lleva a cabo una valiosa política de recuperación económica y de las instituciones. Las Cortes de Barcelona de 1480 a 1481 confirman todas las leyes y privilegios del Principado. La represión de la segunda guerra de los Remensas y la Sentencia Arbitral de Guadalupe (1486) ponen fin al largo conflicto social en el campo. Después de la muerte de Fernando II en 1516, y muerto el hijo de su segundo matrimonio con Germana de Foix, la sucesión de la corona de Aragón recae en su nieto Carlos I, que mantiene la concepción federal de la unión dinástica entre Fernando II e Isabel I de Castilla.