La Inquisición se implanta en Cataluña en 1487. Este tribunal tiene como finalidad velar por la pureza de la fe y actúa contra los cristianos nuevos, o conversos, acusados de judaizar. Su actuación es protestada por la Diputació del General, el Consell de Cent y los Brazos reunidos en Cortes, que se niegan a facilitar la labor de los inquisidores. Muchos judíos conversos, atemorizados, se exilian. Barcelona y otras ciudades pierden así capitales y hombres experimentados en el campo de la gestión y las finanzas, lo que repercute negativamente en los nuevos retos económicos generados por las rutas oceánicas.